针对一些媒体对环保部内设机构调整的传言，环保部2016年3月3日在官网上正式回应，确认中央有关部门已于去年2月批复同意环境保护部机构编制做部分调整，不再保留污染防治司、污染物排放总量控制司，设置水、大气、土壤三个环境管理司。
环保部回应称，这是贯彻落实中央关于加强生态环境保护、推进以改善环境质量为核心各项工作有效开展的重要举措。为积极稳妥推进这项工作，一年来进行了认真调查研究，广泛听取了各方面的意见。在此基础上，研究制定了实施工作方案。环保部表示，由于机构调整涉及面广，内部职能、运行机制的建立和人员配备完全到位尚需要一个过程。待整个工作完成后，环保部将专题向媒体发布。
